Κατά τη διαδικασία της ακρορριζεκτομής ο γιατρός ανασηκώνει τα ούλα προκειμένου να αποκαλυφθεί το δόντι το οποίο εμφανίζει τη φλεγμονή. Τότε αφαιρεί το μολυσμένο ιστό και ένα πολύ μικρό κομμάτι από την άκρη της ρίζας του δοντιού.

Έπειτα τοποθετείται στην άκρη της ρίζας μια ποσότητα ειδικού υλικού προκειμένου αυτή να κλείσει. Το συγκεκριμένο υλικό σφραγίζει ερμητικά το άκρο της ρίζας για να αποφευχθεί η επιμόλυνση του ριζικού σωλήνα και δίνει ερεθίσματα στα κύτταρα του οργανισμού, ώστε να δημιουργηθεί ξανά το κατεστραμμένο οστό.

Αξίζει να αναφερθεί ότι το συγκεκριμένο υλικό είναι βιοσυμβατό και εκτεταμένες έρευνες έχουν αποδείξει ότι ενσωματώνεται απόλυτα με το δόντι, το οστό και τα ούλα. Το όνομά του είναι MTA (Mineral Trioxide Aggregate και χρησιμοποιείται στην Οδοντιατρική πάνω από 20 χρόνια με εξαιρετικά αποτελέσματα.

Τέλος, μόλις τοποθετηθεί το MTA, τοποθετούνται μερικά ράμματα στα ούλα, τα οποία βοηθούν στην επούλωση των ιστών. Το οστό γύρω από την άκρη της ρίζας επουλώνεται πλήρως με την πάροδο λίγων μηνών.